当POS机提示“证书文件不存在”时，可以按照以下步骤进行处理：

首先，保持冷静，不要慌张。这一提示通常意味着POS机的操作系统中某个关键证书文件缺失或损坏，导致设备无法正常运行。

接下来，迅速收集相关信息，包括商户终端的详细信息以及设备的序列号。这些信息是后续问题诊断和处理的基础，务必确保无误。

然后，将收集到的信息提交给POS机的后台支持团队进行评估处理。可以通过官方渠道或客服热线提交信息，同时清晰描述问题现象，并附上所有收集到的信息。后台团队将利用这些信息来诊断问题原因，并制定相应的解决方案。

在等待后台团队处理期间，保持联系方式畅通，以便接收可能的进一步询问或解决方案通知。同时，也可以关注POS机官方渠道发布的相关公告或通知，以获取更多有用信息。

如果问题依然无法解决，可能需要考虑将POS机返厂维修或更换新机。在此过程中，同样需要提供详细的故障描述和相关信息，以便厂家能够更准确地判断问题所在并进行修复。

总之，遇到POS机提示“证书文件不存在”的问题时，关键在于及时收集关键信息并提交给后台支持团队进行评估处理。同时，保持耐心和积极配合，以确保问题得到妥善解决。